За рубежом были получены черные нутрии с черной окраской ости и темносерой подпушью, определяемой доминантным геном Z. У гетерозиготных черных нутрий (Zz) за ушами, а иногда и на боках появляется зонально, как и у стандартных, окрашенный волос; у гомозиготных окраска более интенсивна и зонально окрашенных волос нет.
При бонитировке это учитывается и 5 баллов получают гомозиготные черные нутрии, без нежелательных оттенков, не имеющие участков волосяного покрова со стандартной окраской. Для гетерозиготных же нутрий последнее допускается. За появление буроватых оттенков оценка снижается до 4 баллов у нутрий обоих генотипов.
Окраска шкурок черных нутрий должна быть на брюшке от темнокоричневой до черной, на спине — от почти черной до черной; пух — от темнокоричневого до темносерого.
Яркая желтозолотистая окраска золотистых нутрий вызывается доминантным геном V. В гомозиготном состоянии (VV) этот ген оказывает летальное действие. При приемке шкурок золотистых нутрий требуется, чтобы кроющие волосы были золотистыми или светлозолотистыми, а пух желтый или светложелтый с золотистым отливом. При бонитировке от 5 до 3 баллов получают звери золотистой общей окраски при светлозолотистой подпуши; при этом максимально оцениваются особи, у которых разница в окраске спины и брюшка выражена незначительно, при большей разнице оценка снижается. Звери желтой, бледной или грязнокоричневой окраски получают при бонитировке 2 балла.
Известны также мутантные формы нутрий дымчатой (рр), кремовой (кк) и соломенной (желтокоричневой — ЪЪ) окрасок, но такие нутрии пока не получили широкого распространения.
Среди цветных нутрий есть и звери с комбинативными окрасками. При комбинации генов белой итальянской и золотистой нутрий получаются снежнобелые нутрии, гетерозиготные по гену золотистой окраски и гомозиготные по генам белой итальянской (VvPt"), а также лимонные генотипа VvTf (гетерозиготы по генам обеих окрасок). При спаривании последних между собой в потомстве происходит расщепление на стандартных (vvTT), золотистых (VvTT), лимонных (VvTf), серебристых (vvTf), белых итальянских (vvff) и снежнобелых (Vvff). При разведении же "в себе" снежнобелых нутрий идет расщепление только на снежнобелых и белых итальянских. Но при разведении снежных нутрий "в себе" надо иметь в виду, что плодовитость их будет снижена за счет гибели гомозиготного по золотистой окраске молодняка (VVPt0).