Возможна оценка только фенотипа самого зверя, но это не всегда обеспечивает отбор наиболее ценных производителей. Выбирая зверей с наилучшим качеством опушения или наиболее плодовитых, ожидают, что они будут оставлять подобное же потомство. Однако хорошие показатели нередко обусловлены таким набором генов, который очень трудно бывает повторить в потомстве, тем более, что генотип потомков зависит и от генотипа второго родителя.
Так, в зверосовхозе "Лесной" (Алтайский край) известна серебристочерная лисица № 9026 рекордистка по плодовитости. За 8 лет использования от нее было получено 62 щенка. Год она оставалась без приплода, следовательно, средний размер помета у нее составил 8,86 щенка. Один раз она родила 14 щенков, что для зверей этого вида является рекордом. От нее оставили на племя 6 дочерей, ни от одной из которых не было получено приплода. Средняя же плодовитость остальных пяти самок — четыре щенка. Помет только одной ее дочери состоял из шести щенков, что являлось обычным для других зверей этого хозяйства. Таким образом, несмотря на высокую плодовитость самой самки, ее нельзя было считать ценной в племенном отношении.
Примером того, что по фенотипу не всегда можно определить генотип, являются также звери, гетерозиготные по нежелательным рецессивным генам, что может быть установлено при анализе их происхождения.
Наиболее точно племенные качества животного определяются на основе оценки его потомства, которая показывает, что можно ждать от этого зверя. Однако и метод оценки производителей по качеству потомства нельзя считать идеальным, поскольку на качество потомства оказывает влияние и второй родитель, и не всегда сразу можно установить, от кого унаследовали щенки те или иные свойства. Кроме того, учитывая, что большинство признаков наследуется полигенно, то есть обусловлено несколькими генами, возможно значительное разнообразие приплода, в результате чего для более точной оценки производителя требуется значительное число потомков (не менее 2025). Поэтому оценить по потомству самцов, оставляющих большее количество щенков, можно точнее, чем самок.
Оценка по качеству потомства может быть неточной и в том случае, если анализируемый зверь гетерозиготен по какимлибо рецессивным генам, которых нет у другого члена пары. Например, стандартная, но гетерозиготная по какойлибо рецессивной окраске норка при спаривании с гомозиготными стандартными зверями будет оставлять только стандартный молодняк. Предположить, что она гетерозиготна, можно, только проанализировав ее происхождение и установив, что хотя бы у одного из ее предков была рецессивная окраска. Для более же точной оценки нужно провести специальное, так называемое анализирующее скрещивание, при котором предполагаемый носитель рецессивного гена спаривается с гомозиготным по этим генам зверем. Появление в потомстве рецессивных по данному признаку щенков свидетельствует о гетерозиготности анализируемого родителя.