У самцов нет мошонки, и семенники большую часть времени находятся в брюшной полости. Они могут опускаться через паховые кольца под кожу, и тогда можно кастрировать зверей для уменьшения драчливости самцов, выращиваемых на шкурку. При определении пола учитывают местоположение полового отверстия: у самок оно находится непосредственно около ануса, у взрослых самцов — на расстоянии 3—4 см от него.
Так как в естественных условиях нутрии добывают корм под водой, отгрызая зубами корневища и прикорневые части растений, губы у них смыкаются сзади резцов, препятствуя попаданию в рот воды.
Задние лапы нутрий снабжены плавательными перепонками. Пальцы передних лап хорошо развиты: нутрии подносят ими корм ко рту.
Окраска диких нутрий коричневая разных оттенков (буроватого, желтоватого, сероватого и др.), разной интенсивности — темная и светлая.
Большинство клеточных нутрий (стандартные) имеют такую же окраску, на брюшке несколько более светлую за счет осветленных вершинок остевых волос. На боках и спине часть волос имеет однотонную окраску по всей длине, а часть — светлое кольцо при темной верхушке. Подпушь — коричневая с голубым оттенком, одинаково окрашенная по всей длине.
При бонитировке 5 баллами оценивают стандартных нутрий с кроющими волосами коричневого разных оттенков или бурого цвета и коричневой подпушью с голубым оттенком, равномерно окрашенной по всей длине. Белые пятна или участки разноокрашенной подпуши недопустимы. При зональной окраске пуховых волос оценка снижается до 4 баллов, при коричневой окраске подпуши на брюшке с легкой краснотой или буризной ее — до 3 баллов, а при коричневой с явно выраженной краснотой или буризной — до 2 баллов.