Енотовидная собака имеет два типа окраски: остевой волос у всех имеет черные окончания и светлую зону, располагающуюся выше подпуши. Но у части зверей эта зона белая, без желтоватого оттенка, а верхушки пуховых волос имеют светлокоричневый или светложелтый цвет. Зверей с такой окраской называют серебристыми.
У других — светлая зона и верхушки пуховых волос оранжевые. Таких зверей называют золотистыми. Между этими окрасками существуют переходные формы. Кроме того, окраска осветленной зоны ости и верхушек подпуши может не совпадать. Оценка таких зверей при бонитировке снижается до 3 баллов, и на племя их оставлять не рекомендуется. Звери, имеющие буроватосерую окраску, с желтой или коричневой осветленной зоной, с легкой вуалью, получают оценку в 2 балла.
В 1975 г. в зверосовхозе "Заря" (Ленинградская область) от пойманных на воле 3 самок енотовидных собак был получен приплод. Его вырастили в клеточных условиях. Часть щенков забили, и полученные шкурки оказались значительно лучше шкурок зверей, добываемых на воле. На международном аукционе они прошли по высоким ценам и совхозу "Заря" было предложено заняться разведением этого вида. Используя получаемый молодняк, частично пополняя стадо лучшими отловленными зверями, совхоз начал увеличивать поголовье. Были созданы фермы и в других регионах страны. В настоящее время в совхозах насчитывается более 1 тыс. голов самок основного стада. Спустя 40—45 лет енотовидная собака вновь стала объектом промышленного звероводства.
При бонитировке енотовидных собак серебристого типа оценка снижается до 4 баллов за желтоватый налет на осветленной зоне остевых волос, до 3 — при слабом развитии вуали на боках.
У золотистых наличие яркожелтой, а не оранжевой осветленной зоны снижает оценку до 4 баллов, слабое развитие вуали на боках, как и у серебристых, до 3 баллов.
Основная окраска определяется наследственными факторами, но они, носят полигенный характер. При гомогенном спаривании как серебристых, так и оранжевых родителей в потомстве выщепляется 35, а в отдельные годы до 10 % щенят другой основной окраски и, кроме того, при всех типах спариваний всегда значительный процент молодняка имеет переходную окраску. От двух зверей с переходной окраской рождаются щенки всех типов. Четко выраженных закономерностей в получаемых расщеплениях установить пока не удалось.
В Финляндии зарегистрирована мутантная форма белая с пигментированными глазами и носом, обусловленная действием доминантного гена.