В результате проводимой племенной работы ассортимент шкурок клеточных соболей значительно лучше, чем диких. Так, процент наиболее темных примерно в 5 раз выше доли таких же шкурок диких соболей лучшего Баргузинского кряжа и в 15 раз выше доли шкурок всех соболей, добытых на охоте.
В природе у соболей были зарегистрированы резкие отклонения в окраске, очевидно, мутантного происхождения. Известны, например, шкурки голубые, золотистые, бежевые с оранжевым оттенком, белые с легким коричневатым налетом и др.
Оценка окраски. При проведении бонитировки соболей по окраске подразделяют на два типа черных и темнокоричневых. Оцениваемые в 5 баллов соболи обоих типов должны иметь однотонную по всему телу окраску (у диких голова, шея и живот обычно светлее), пух темносерый с голубым оттенком, равномерно окрашенный по всей длине. Соболи черного типа должны иметь черную окраску, темнокоричневого темнокоричневую, почти черную. При наличии коричневых кончиков пуха оценка снижается до 4 баллов. При этом у черных допускается незначительное осветление головы и брюшка. При более светлой общей окраске и посветлении боков и черева оценка снижается у зверей обоих типов окраски до 3 баллов.
Большинство диких соболей на горле имеют резко очерченное кремовое, оранжевое или реже белое пятно площадью до 1520 см2 или подпалину примесь белых, светлых волос, которая может быть распространена по всей нижней части шеи. У современных клеточных соболей подпалина встречается очень редко, пятно же обычно бывает значительно меньших размеров и может проявляться только в виде небольшого пучка светлых волос. Это нежелательный признак, и его оценивают как дополнительный: 5 баллов получают звери, у которых пятна нет; 4 балла при появлении отдельных светлых волосков; 3 балла при малом пятне; 2 балла при среднем пятне или малой подпалине; 1 балл при большом пятне, средней или малой подпалине.